Sistem penjaminan mutu internal wajib dilakukan oleh setiap perguruan tinggi dibawah kordinasi lembaga penjaminan mutu atau nama lainnya. Sistem penjaminan mutu internal ini dilakukan dalam rangka memenuhi standar nasional pendidikan tinggi yang dalam hal ini di bawah BAN-PT.

Standar pendidikan tinggi memuat standar nasional pendidikan tinggi dan standar yang ditetapkan oleh institusi masing-masing. Berbagai komponen-komponen standar dalam pendidikan tinggi adalah memuat standar nasional pendidikan, standar penelitian dan standar pengabdian pada masyarakat. Sistem penjaminan mutu internal merupakan sebuah proses yang memuat Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian dan Peningkatan (PPEPP) standar.
Pentingnya penjaminan mutu juga dirasakan oleh IAIN Syekh Nurjati Cirebon sehinggan budaya mutu mulai digalakkan sejak tahun 2012 hingga sekarang. Penjaminan mutu dimulai dengan penentuan standar mutu akademik yang selanjutnya dilakukan penilaian Indeks Kinerja Dosen, Audit Mutu internal. Secara bertahap dan berkelanjutan penjaminan mutu terus ditingkatkan misalkan dengan penilaian IKD online seiring dengan pengembangan IT kampus yang berorientasi pada smart campus.
Penjaminan mutu merupakan kerja kolektif antar unit mutu yang berada dilingkungan fakultas yang disebut dengan Tim Gugus Kendali Mutu, dan Tim Gugus Mutu yang berada di Prodi. Kapabilitas dari Sumberdaya menjadi unsur terpenting dalam melaksanakan tugas dan kewenangan TGKM dan TGM sebagai kepanjangan tangan dari LPM.
Oleh karena itu,berbagai kegiatan perlu dilakukan dalam rangkan meningkatkan kinerja tim gugus kendali mutu dan tim gugus mutu dalam mendampingi prodi untuk menjamin pelaksanaan program sesuai dengan standar yang ada.